1. ツールのインストール#

履歴書き換えには git-filter-repo を使用します。Git 公式も推奨しているツールで、旧来の git filter-branch より安全かつ高速です。

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pip install git-filter-repo

2. ミラークローンで全履歴を取得#

1
git clone --mirror <リポジトリの URL>
2
cd <リポジトリ名>.git

3. 対象ファイルの履歴を削除#

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git filter-repo --path <削除対象ファイルのパス> --invert-paths

• --path : 対象ファイルのパスを指定します（例: config/secrets.yml、src/.env）
• --invert-paths : 指定したパス以外を残す、つまり指定したファイルをすべての履歴から取り除く、という意味です

複数ファイルを一度に削除したい場合は --path を並べます：

1
git filter-repo --path config/secrets.yml --path .env --invert-paths

実行後、すべてのコミット履歴からそのファイルが取り除かれます。

4. GitLab のプロテクトブランチを一時解除#

強制プッシュ（force push）は通常、保護されたブランチへは禁止されています。GitLab の管理画面から一時的に解除します。

1. GitLab のリポジトリページを開く
2. Settings > Repository > Protected branches に移動
3. main、develop などの保護ブランチを Unprotect にする

作業終了後は必ず保護設定を元に戻してください。

5. リモートの登録と強制プッシュ#

ミラークローンした状態ではリモートが未設定のため、まず追加します：

1
git remote add origin <リポジトリの URL>

すべてのブランチとタグを強制プッシュします：

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# 全ブランチの強制プッシュ
2
git push origin --force --all
3

4
# 全タグの強制プッシュ
5
git push origin --force --tags

6. プロテクトブランチの保護設定を復旧#

手順 4 で Unprotect したブランチを元の設定に戻します。

Settings > Repository > Protected branches から再設定してください。

7. GitLab 上の物理削除（ハウスキーピング）#

強制プッシュでリモートから参照は外れますが、GitLab のサーバー上にはキャッシュや内部オブジェクトが残っている場合があります。ハウスキーピングを実行して物理的にデータを削除します。

1. GitLab のリポジトリページを開く
2. Settings > General > Advanced に移動
3. Housekeeping（ハウスキーピング） を実行

GitLab.com（SaaS）の場合、完全な物理削除にはサポートへの問い合わせが必要になるケースもあります。セルフホスト版では管理者が git gc --prune=now を実行することでも対応できます。

8. 削除確認#

対象ファイルへの古いコミットのパーマリンク URL にアクセスし、404 エラーが返ることを確認します。

例：

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https://gitlab.com/<namespace>/<repo>/-/blob/<古いcommit hash>/<削除対象ファイルのパス>

404 が返れば、GitLab 上からは閲覧不可能になっています。

1〜3. ツールインストール・ミラークローン・履歴削除#

GitLab と完全に同じ手順です。

1
pip install git-filter-repo
2
git clone --mirror <リポジトリの URL>
3
cd <リポジトリ名>.git
4
git filter-repo --path <削除対象ファイルのパス> --invert-paths

4. GitHub のブランチ保護ルールを一時解除#

1. GitHub のリポジトリページを開く
2. Settings > Branches に移動
3. Branch protection rules の対象ブランチ（main など）の Edit をクリック
4. Require a pull request before merging などのルールを一時的に無効化するか、または Allow force pushes を有効にする

5. 強制プッシュ#

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git remote add origin <リポジトリの URL>
2
git push origin --force --all
3
git push origin --force --tags

6. ブランチ保護ルールの復旧#

手順 4 で変更した設定を元に戻します。

7. GitHub のキャッシュ削除#

GitHub 側のキャッシュやフォークには古いデータが残っている可能性があります。

• キャッシュのクリア: GitHub サポートへ問い合わせることで、サーバー側のキャッシュを削除してもらえます。
• フォークの扱い: フォークしているリポジトリには書き換えが反映されないため、フォーク先でも同様の作業が必要です。フォーク一覧は Settings > Danger Zone から確認できます。

GitHub には Secret scanning 機能があり、プッシュされたシークレットを自動検出してアラートを出してくれます。流出したシークレットのローテーションと合わせて活用してください。

未プッシュの変更がない人#

一番シンプルなケースです。既存のフォルダを削除して再クローンするだけです。

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# 既存のフォルダを削除
2
rm -rf <リポジトリのフォルダ>
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4
# 再クローン
5
git clone <リポジトリの URL>

未プッシュの変更がある人#

作業中の変更をパッチファイルに退避してから再クローンします。

1
# ステップ1: 現在の差分をパッチファイルに書き出す
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git diff > my.patch
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# ステップ2: ステージ済みの変更も含める場合
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git diff --cached >> my.patch
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7
# ステップ3: 既存フォルダを削除して再クローン
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rm -rf <リポジトリのフォルダ>
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git clone <リポジトリの URL>
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cd <リポジトリのフォルダ>
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# ステップ4: パッチを適用して変更を復元
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git apply my.patch

ブランチも含めた変更がある場合は、git bundle を使うとより安全に移行できます。